それは、遥か昔のこと。
まだ人間が、空と海に挟まれた肥沃な大地で、
平和に暮らしていた時の話。
人々は、大地に満ち溢れた精霊の力をエネルギーへと変える
「魔導機」を造りだし、
その力によって、人類は繁栄の極みにあった。

だが、太陽の輝きすら、やがて地の果てに沈む時が来る。
ある時、大地の奥底から染みだしてきた
「穢れ」と呼ばれる謎の毒素によって
数多の動物は死滅し、美しかった自然は汚染され、
大地から精霊力が失われてしまう。
そして、魔動力の恩恵を失った人々の文明は脆くも崩れ果て、
人々は滅亡の危機を迎えることになった。

しかしその時、心優しき女神テミスより遣わされた4柱の精霊たちが
まだ穢れに侵されていない大地を割り取ると、それを天空へと浮かべ、
人々を「穢れ」の脅威から救い出したのだった。

やがて、力を使い果たした精霊たちは、
その姿を「アーティファクト」と呼ばれる
美しい鉱石の姿へと変え、
またいつか訪れるかも知れない脅威に備えるため、
深い眠りについたのだった。

アーティファクトに守られた、遥か高みに浮かぶ聖なる大地。
やがて人々は、そんな己らの新しい故郷をこう呼ぶようになった。
「天空の世界シェルテーラ」と…
天空の大地が落ちようとしている―!
世界の危機を回避するため、奇跡の力を持つといわれる『アーティファクト』を探しているというルーナ達の依頼を受け、
主人公クロードは相棒のイグニスと共にルーナ達の遺跡への護衛と案内を請け負います。